La guinda del Proyecto

Hace ya unos días (el 23 de Mayo) que tuvimos la presentación del proyecto a vuestros compañeros de clase. Ese día creo que logramos explicarles el proyecto de una manera breve y clara. Sobre todo gracias a la intervención de Laura que explicó muy bien los resultados y gráficos que estábamos exponiendo. Su intervención fue bastante clarificadora.
      

    
      El acto terminó con la entrega de diplomas por la participación en el congreso a todos los alumnos, faltaron ese día Marta y Pablo que estaban ya preparando la EVAU.
 

    
      Fue un buen colofón al proyecto y realmente lo explicasteis muy bien a vuestros compañeros. Y es que, ya no sois los mismos alumnos que empezasteis y creo que os disteis cuenta ese día también.

      Ahora, estamos ya por terminar este fantástico proyecto mediante el manuscrito que resume y recoge todos los datos y conclusiones de nuestro trabajo. En breve, formará parte del próximo volumen de la revista HSSASR. Ya el volumen 13.

     

  
      Tan solo nos queda terminar aportando nuestra sección del MY OWN IDEAS!!!
      Animo que sólo nos queda la guinda para unas merecidísiimas vacaciones!!!!!

Y llegó el Gran día

Ayer Jueves, tuvo lugar la presentación de resultados de los 12 proyectos CAOS en la Estación Experimental del Zaidín.

 

Que se anunció toda la semana previa en la web de nuestro centro.
Y es que fue un programa exhaustivo donde durante más de 4 horas, se expusieron los resultados de todos los proyectos. Proyectos muy variados con títulos muy sugerentes entre otros como “Results from BICHOCOMPO project: Biodiversity of compost invertebrates” o “Microorganismos y Plantas Mediterráneas, conviven??”… 

Pero no solo fueron las exposiciones después vinieron las preguntas, y claro, ahí los nervios estaban a flor de Piel.     

Pero la verdad es que la exposición estuvo fantástica. Además, nos dio tiempo a hacernos una foto de equipo!!!

      
      SEÑORES VAYA EQUIPO!!!!
     

      SEÑORES, VAYA CONGRESO!!!

Pensando en el título de nuestro Trabajo. Organizando nuestra Exposición

Ayer lunes, nuestro investigador nos expuso en un par de gráficos los resultados de nuestro trabajo. Tras recapitular un poco, la última reunión la habíamos tenido hace más de un mes, revisamos nuestros datos y nos expuso que podíamos mostrar y que se podía concluir de nuestros resultados.
      Básicamente, nuestros resultados derivan del último experimento, que nuestro investigador nos resaltó que fue bastante clarificador sobre el papel que tienen la existencia de este tipo de sistemas de defensa en la naturaleza.
      Tras entender el conteo tanto de bacterias como de fagos presente, así como entender el diseño del experimento planteado.

      

  Imagen 1: Diseño del experimento

     

 Pudimos graficar dos tipos de datos, relacionados y congruentes entre sí:
      (i) Datos de Densidad óptica de cada cultivo (una cinética de puntos tomados a 0, 2, 4 y 24 h) para cada una de las infecciones y bacterias analizadas
          

 Imagen 2: OD de los diferentes cultivos

      
(ii) Datos de conteo de fagos y bacteria correspondientes al final de cada experimento (a las 24 h).      

 

Imagen 3: conteo de bacterias y fagos a las 24 h post infección.

      

Estos dos tipos de datos reflejan que no es lo mismo, que una determinada bacteria resista una infección por que no se infecte con el virus (non-host) que porque disponga de un sistema abortivo de defensa (host plus system).
      Queda demostrado que la presencia de sistemas defensa en la población permite a lo largo del tiempo la eliminación de un determinado virus del ecosistema, suponiendo por tanto una ventaja evolutiva al conjunto de la población. En sólo 24 h hemos observado que el fago lejos de replicarse disminuye su presencia en más de 10000 veces (4 órdenes de magnitud). Podemos entender que la presencia de un sistema de defensa origina que el virus termine desapareciendo del cultivo.
      Ya podemos empezar a vislumbrar nuestras conclusiones basadas en nuestros experimentos, que veremos/plantearemos/discutiremos en nuestra próxima sesión (a una semana vista).
      Pero lo que si hemos decidido ha sido el título de nuestro trabajo:

       “Dynamic of bacteriophages infection on either resistant or non-resistant soil bacteria”

 

Convirtiendo los experimentos en datos

Ayer lunes, entendimos cómo vamos a poder interpretar los distintos resultados de nuestra investigación. Que, como ya se ha dicho repetidas veces en este blog, versa sobre contar: bien calvas de fago producidas sobre un césped de bacteria, bien colonias producidas por la bacteria presente en nuestros cultivos. 

 

Imagen 1: ejemplos de algunos de los plaqueos llevados a cabo el otro día en el laboratorio del Ayala. Fagos a la izda, y bacterias a la derecha.

 

Para ello, es importante que pensemos en las diluciones seriadas llevadas a cabo en cada caso y teniendo en cuenta el volumen de cada gota (10 ul) depositada en las placas.

 

 

 Imagen 2: ejemplo de conteo llevado a cabo por los alumnos…

 

Y es que contando su número y teniendo en cuenta la dilución, podíamos inferir las cinéticas de lo que había ocurrido (con el fago y con la bacteria) tras 24 h de cultivo.  
Por otro lado, y de manera paralela, se habían obtenido datos de Densidad Optica de los distintos cultivos y tratamientos; datos que habrá que comparar con el conteo llevado a cabo.

Imagen 3: Ejemplo de los distintos datos obtenidos (para el tratamiento de la infección sobre la cepa sin ninguna resistencia)

 

Ambos tipos de datos deberemos de representarlos bien en tabla, bien en gráficos para dar el mensaje de nuestro trabajo.

Imagen 4: ejemplos de gráficos y tablas obtenidos

Que como ayer ya apuntamos en nuestra reunión de ayer las conclusiones serán de este tipo:
El sistema UG5 proporciona defensa frente a fagos a la bacteria que lo posee.
Este sistema tiene la función de “eliminar” el fago presente en un determinado ambiente.

Ánimo, que ya solo queda darle forma a todo lo que hemos hecho!!!!

Paco (nuestro investigador).

¿Nuestros últimos experimentos?

Sin duda, ya somos unos expertos en microbiología. Ayer (8/02/2024) tuvimos una nueva sesión experimental en el laboratorio del IES. Y es que como ya sabemos, preguntas relativamente sencillas no son fáciles de plantear los experimentos para sus respuestas.

Tras una primera parte de recordar donde estábamos y lo que queríamos demostrar, (en recursos tenéis el pdf con el planteamiento del experimento y los datos de Absorbancia obtenidos: Experimento 08-02-2024) …

Primeras explicaciones de la mañana

 … de vuestra “destreza” en la elaboración de las diluciones, y en el pipeteo de las mismas sobre los distintos tipos de placas, entiendo que estabais más al tanto de todo lo que significaba el experimento.

 

Y es que todos nos supervisábamos unos a otros. Y todas las dudas que surgían eran lógicas y sobre todo muy indicativas de que sabíamos lo que estábamos haciendo.

Distintos momentos de la mañana…

Ya tan solo nos queda esperar los resultados de qué ha pasado en las distintas multiplicidades de infección en los distintos cultivos… .

El número de tubos a usar y las diluciones seriadas fueron tantos que nos quedamos sin puntas amarillas (estériles) para terminar todos los plaqueos. Quedaron pendiente un par de puntos que se terminarían en nuestro centro de Investigación (la EEZ).

Los resultados obtenidos nos acercarán a nuestro objetivo, demostrar que el sistema UG5 se comporta como un sistema característico abortivo de defensa a fagos.

Nos esperan sesiones calientes para la interpretación de lo que ha salido y vislumbrar si ya le podemos poner punto final a nuestro trabajo… .

A ver esas fotos!!!!!

Hip, hip, hip hurra!!!!

Convirtiéndonos en microbiólogos

Ayer (Lunes 22 Enero 2024) tuvimos una nueva sesión Microbiológica ya en el departamento de Microbiología de la EEZ.

Imagen 1: Explicación preliminar antes de ponernos manos a la obra

Tras las primeras explicaciones (en recursos tenéis las diapositivas base de esa explicación: “Explicación Previa 22-01-2024”) de lo que iba a ser nuestro objetivo principal:

El sistema UG5 encontrado en la bacteria S. melioti,

¿¿es un sistema Abortivo de defensa a fagos???.

Nos pusimos manos a la obra. En las 2 h que estuvimos preparando el material y la pregunta entendimos que íbamos a tratar de conocer la cantidad de fago (el 3.2) presente en 9 muestras. 9 muestras que se corresponden con un experimento de cinética de infección viral. De los datos que obtengamos en nuestro conteo dependerá en parte la respuesta a nuestra pregunta.

Pero, ¿Que fue lo que hicimos??.

El experimento comenzó a las 13 h, aunque nosotros nos incorporamos al mismo a partir de las 17h (o sea ya llevaba 4 h en marcha).

Imagen 2. Esquema global del experimento planteado.

Basados en datos de cinéticas de infección de fagos en la bacteria S meliloti, decidimos tomar 3 puntos (a tiempo 0, 1h y 3,5 h post infección) en 4 condiciones:

1) Proceso normal de infección (GR4-vector vacio)

2) Proceso de infección interrumpido por la presencia del sistema UG5 (GR$-UG5)

3) “Ausencia de infección” Cultivo de un aislado no compatible (RMO17)

4) Sin bacteria (TY-) nos medirá la estabilidad del virus incubado en tubos y temperatura idénticos.

    Experimento sencillo, pero a la vez muy informativo y que nos llevó unas 2 h de trabajo en la Estación Experimental del Zaidín.

Imagen 3: distintos momentos de la tarde

Ya sólo nos queda tomar las fotos pertinentes de nuestras diluciones y pensar y analizar los resultados obtenidos. Sin olvidar los datos que obtuvimos de la D.O a 600 nm de nuestros cultivos. Nuestro investigador nos ha comentado que el experimento tiene buena pinta.

Los próximos días serán claves en el devenir de nuestro proyecto.

Vamos ¡!!! que ya parece que estamos más que bien encaminados a nuestro objetivo

Nuestra Primera Reunión On line

Hola a todos:
Ayer (Lunes 18 de Diciembre) tuvimos nuestra primera Reunión on line. No será la última, de hecho, deberemos acostumbrarnos a combinar ambos tipos de reuniones, las presenciales y las virtuales. En el año 2023, la ciencia funciona así. Muchas discusiones de resultados y de proyectos, se plantean en reuniones como la que tuvimos el otro día, donde los implicados no siempre están cerca unos de otros.

Ya estábamos todos excepto Marta que no tardó en incorporarse.
Entre otras cosas estuvimos analizando los resultados de la “práctica” que realizamos en el Instituto, donde realizamos mediciones de fagos y de bacterias en diferentes cultivos.

Resultado de las diluciones seriadas donde contamos colonias de bacterias

 

    Resultado de las diluciones seriadas utilizadas para contar fagos.

Y como veis varias conclusiones pudimos sacar de nuestros primeros experimentos:
1) La D.O (Optical Density) es un buen parámetro para estimar el número de bacterias presentes en un cultivo. Número que finalmente se determina por conteo de colonias. Esto es: C.F.U.: colony-forming-units que refleja el número total de bacterias presentes en una solución.
2) Las diluciones seriadas y el conteo hay que hacerlo en base a la densidad óptica y a lo que esperamos de ese cultivo. Por tanto conocer la densidad óptica de lo que plaqueemos es fundamental.
3) Las condiciones de esterilidad con el mechero bunsen en el IES son suficientes para el manejo y control tanto de fagos como de bacterias.
4)  Ya hemos establecido las bases para los nuevos experimentos que nos responderán a la pregunta: Es el sistema UG5, un sistema Abortivo de defensa a fagos???.
Para saber más de este sistema echadle un vistazo en recursos a “El sistema UG5 de S. meliloti”
Hemos quedado para ya nuestra primera pregunta científica a resolver de manera experimental para el Lunes 15 de Enero a las 17:00 h en la EEZ-CSIC.
 

Hip hip Hurra!!!!